Katja Bühler studierte zwischen 1993 und 1998 Biologie mit den Schwerpunkten Mikrobiologie und Biochemie an der Universität Hamburg und schloss mit einem Diplom ab.
Im Anschluss promovierte sie zum Dr. rer. nat. an der Technischen Universität Hamburg-Harburg im Bereich der biologischen Alkanoxidation.
2001 bis 2004 folgte ein PostDoc Aufenthalt am Institut für Biotechnologie der Eidgenössischen Technischen Hochschule Zürich.
Danach wechselte sie als Arbeitsgruppenleiterin an die Technische Universität Dortmund, wo sie 2014 habilitierte und die Venia Legendi für Allgemeine Mikrobiologie erhielt.
Seit 2015 ist sie Inhaberin der Professur für die „Technologie produktiver Biofilme“ am Institut für Naturstofftechnik der Technischen Universität Dresden in gemeinsamer Berufung mit dem Helmholtz-Zentrum für Umweltforschung (UFZ) Leipzig, wo sie die Arbeitsgruppe „Katalytische Biofilme“ leitet.
Im Januar 2021 wurde sie in den Nationalen Wasserstoffrat berufen.
Ihre wissenschaftlichen Arbeiten am UFZ fokussieren auf die Wasserstoffproduktion katalysiert durch photoautotrophe Organismen. Diese nutzen Lichtenergie, um Wasser zu spalten und biologische Energieträger aufzubauen, um in der Folge CO2 zu Biomasse relevanten Bausteinen zu reduzieren. Diese Zellen kann man dahingehend verändern, dass sie einen Teil ihrer Ressourcen in die Wasserstoffproduktion leiten. Dieser Forschungsansatz ist derzeit in der Grundlagenforschung angesiedelt, hat aber das Potenzial langfristig zu einer potenten Produktionstechnologie zu werden, welche direkt mittels Sonnenenergie zum Wasserstoff führt und ohne Metallkatalysatoren auskommt. Im Farbkasten der Wasserstoffproduktion ist dieser Ansatz unter Weißem Wasserstoff einzusortieren. Zum einen, weil es sich dabei um natürlich produzierten Wasserstoff handelt, zum anderen, weil man sich hier des Werkzeugkastens der Weißen Biotechnologie bedient, um Wasserstoffproduzenten herzustellen.